通常医生不建议长期吃褪黑素，虽然褪黑素有较多的功效，但长期大量吃也可能会产生一定的副作用，如出现抑制性腺功能、影响自身分泌功能的风险等。
1、抑制性腺功能：褪黑素是由松果体基质细胞分泌的主要激素，具有调节机体功能的昼夜节律，还可以参与多种生理活动的调节，比如可以用于治疗失眠等情况。但对于女性，经常大量服用褪黑素会降低雌孕激素的水平，另外褪黑素也会使人体分泌过多的泌乳素，可能会引发女性不孕。如果是男性服用过量的褪黑素，有可能会降低体内的雄激素水平，导致性腺器官发生异常。
2、影响自身分泌功能：机体本身会分泌褪黑素，而且分泌量足够机体使用。如果长期额外补充褪黑素，随着时间的推移，人体分泌的褪黑素会逐渐减少，当一段时间后人体不再服用褪黑素，机体无法立即适应，可能会出现失眠、内分泌紊乱等情况。
此外，建议失眠的患者避免自行服用褪黑素，应该立即到医院的神经内科就诊，可以遵医嘱使用右佐匹克隆片。经常失眠的患者需要调整作息，在睡前不要喝浓茶、咖啡，避免剧烈运动，平时应该放松心情，避免过度焦虑等，有助于改善这种情况。